2022年4月，为进一步促进学院学科交叉融合发展，工学院在原制药工程教研室、制药装备与自动化教研室、环境科学教研室和制药工程省级实验示范教学中心等4个部门基础上组建成立制药与环境工程系。
师资队伍 全系现有43名教师，其中正高职称8人、副高职称24人、中级职称11人（教师系列34人、教辅系列4人、博士后5人）。教师队伍中有各类省部级及以上人才10余人次，包括国家级青年人才1人，省杰青1人，省特聘教授2人，省“333”三层次2人，省“青蓝工程”优秀教学团队1个、中青年学术带头人1人、优秀青年骨干教师3人，省“六大人才高峰”2人，省“双创”创新团队1个、双创人才1人、双创博士1人、科技副总1人。
教学和专业建设 本系下设制药工程和环境科学两个本科专业。
制药工程专业前身为我校于1960年在国内高校中较早设置的化学制药专业。1998年经教育部对高校本科专业目录进行调整后更名为制药工程专业。本专业先后于2003年成为省首批品牌专业建设点，2011年入选教育部“卓越工程师教育培养计划”，2012年入选省“十二五”重点建设本科专业，2018年通过工程教育专业认证（国际等效），2019年入选省品牌专业并成为首批国家级一流本科专业建设点，2023年入选省级“卓越工程师教育培养计划”2.0专业建设点。制药工程专业学制四年，授予工学学士学位。
环境科学专业于2008年获批，2009年起招收本科生，2016年和2021年分别入选省“十三五”和“十四五”重点建设学科，2021年获批省一流本科专业，2022年获批省品牌特色专业。环境科学专业学制四年，授予理学学士学位。
研究生学位点方面，本系设有“1007Z1制药工程学”硕士和博士学位点，分别授予理学硕士和理学博士学位。同时，在专业硕士学位点“086000生物与医药”的02制药工程与工艺、05制药环境工程两个方向招收专业学位硕士生，在专业博士学位点“086000生物与医药”的02制药工程方向招收专业学位博士生。
科研和社会服务 我系围绕医药产业中的制药分离与结晶、药物分子设计与合成、绿色制药工艺、制药三废治理、微纳药物制备等环节，开展新技术新工艺研究，取得了一系列创新性成果，在ACIE、CEJ、JCR、JMC等相关领域期刊发表SCI论文200余篇，荣获2019年江苏省科技进步一等奖。同时，注重“产学研用”融合发展，与企业共建8个联合实验室，有多项发明专利实现转化。
制药与环境工程系将紧密对接国家战略，针对医药产业“高质量、低成本、安全、环保”需求，基于“创新引领、绿色低碳、连续化数字化智能化”发展理念，依托智能制药关键技术教育部工程研究中心，在大药学体系下进一步凝练科研方向，重点布局和发展“先进制药技术、绿色制药工艺、制药环境工程、药品智能制造”等新技术、新方向和药工交叉学科。
制药与环境工程系主要科研方向